Desde diciembre del 2019 en Brasil se especulaba con la continuidad de Felipe Aguilar en el Santos. El jugador no estaba entre los planes principales del nuevo técnico y otros clubes del mismo país querían contar con él.
Atlético Paranaense fue uno de esos clubes que comenzó a negociar con la dirigencia del Santos y luego de un mes prolongado se pudo a llegar a un acuerdo entre las partes: 10 millones de reales (cerca de 2 millones de dólares) por el 50 % de los derechos económicos del jugador.
De esta manera, Felipe Aguilar se convirtió en la transferencia más cara en la historia del Atlético Paranaense, que solo había pagado este valor por el brasilero Abner, pero en esa ocasión fue por el 100% de los derechos económicos.
El zaguero central antioqueño, antes de firmar con su nuevo club, escribió un mensaje agradeciendo por el tiempo que había pasado «en uno de los clubes más históricos del mundo, el club del ‘Rey’ Pelé.
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