Por pedido de Jorge Sampaoli, Felipe Aguilar dejó Atlético Nacional a comienzos del 2019 para incorporarse en el Santos de Brasil. El jugador comenzó siendo titular en el esquema del técnico argentino,pero fue perdiendo terreno en el transcurso del campeonato y le tocó ver los juegos desde el banco de suplentes.
Jorge Sampaoli se fue del Santos y la permanencia de Felipe Aguilar era una incógnita. El nuevo entrenador Jesualdo Ferreira lo tenía relegado y no era tenido en cuenta ni el banco de suplentes.
Afortunadamente para el zaguero central antioqueño, Atlético Paranaense se había fijado en él desde diciembre del 2019 y tras unas negociaciones prolongadas parece que se pudo llegar a un acuerdo con el Santos para adquirir el 50 % de sus derechos económicos.
En los próximos días, Felipe Aguilar estaría viajando al estado de Paraná para integrarse a su nuevo club, el cual hace parte del grupo C de la Copa Libertadores.